Gunners personlige liv fortsatte med at være svært i 90erne , familien var allerede blevet splittet, da Jette døde af kræft i 93. Han solgte huset og flyttede tilbage til København. Han reflekterede over tiden, der var gået – og spurgte sig selv, hvad der havde været godt ved Lolland? – og det eneste svar, han kunne komme på, var hans yndlingstræ, en gammel eg, som han begyndte at tegne og male gentagne gange.
På grund af hans nye levevilkår begyndte han at arbejde med akryl i stedet for olie. Denne nødvendige ændring gav plads til en mere umiddelbar stil, og frigjorte teknikker han tidligere havde eksperimenteret med. En fusion af materialer, som nu begyndte at blande sig mere harmonisk. Emnemæssigt skærpede han ind på sin fascination af naturen, især træer. Det bragte ro og selvtillid tilbage i hans stil. Og resulterede i 2 af hans mest ambitiøse malerier; af en gamle eg –hvor en af dem spænder over 1,8 x 3 meter.
Bekymringen for natur og miljø blev en stor drivkraft i hans arbejde.
Igennem årene havde Gunner eksperimenteret med træskærerarbejde om sommeren. De fleste af disse blev efterladt ufærdige, men i slutningen af 1990'erne vendte han tilbage til nogle figurer, og startede også flere nye af dyr, som blev færdiggjort.